小叶紫檀是一种珍贵的木材，其养护需要特别注意。避免阳光直射和高温，小叶紫檀对光照和温度非常敏感，长时间暴露在阳光下或高温环境中，会导致木材中的水分迅速流失，进而出现开裂、变形等问题。应尽量避免手串直接暴露在阳光下，更不要放在暖气或火炉附近。在不佩戴时，最好将手串存放在阴凉、干燥的地方。
远离化学物质，小叶紫檀与某些化学物质接触后，可能会发生化学反应，导致手串表面受损。应尽量避免手串接触到香水、洗洁精等化学物质。若不慎接触，应立即用清水冲洗干净，并用干净的布擦干。
定期清洁与保养，长时间佩戴小叶紫檀手串，表面可能会积累灰尘和污垢。为了保持手串的光泽，应定期进行清洁。清洁时，可用柔软的布轻轻擦拭手串表面，注意避免使用含有化学成分的清洁剂。此外，还可以定期为手串涂抹专用的保养油，以保持其光泽和滋润度。
保持适宜的湿度，湿度对小叶紫檀的影响不容忽视。过于干燥的环境可能导致手串开裂，因此，保持适宜的湿度非常重要。
在冬季，小叶紫檀需要特别的养护。北方地区的冬季温度较低，小叶紫檀在10度以下会进入休眠期。应将小叶紫檀放在阳光充足的地方，避免冻害。如果小叶紫檀面临冻害，需要采取补救措施，如剪掉干枯枝条和烂根，换新的土壤，并在盆内放上煤渣或覆盖细沙，帮助其顺利过冬。
小叶紫檀盆景需要充足的光照，每天不少于4小时的直射光，能够促进植株生长。对水分需求量大，不耐旱，一般两三天就需要进行浇水，但浇水不能在正午进行，夏季温度高，可常向叶面喷水保湿。固定摆放，小叶紫檀盆景适应环境后，不宜经常挪动，避免加大对盆景的生长负担。
施肥通常在2个月左右进行一次，量不宜过多。注意防治病虫害，小叶紫檀容易感染炭疽病和黑痣病，虫害主要有金花虫和金龟子等。
